موانع ناشی از ماهیت حکم صادره:
۱) الزام به تنظیم سند اعیان بدون توجه به اوقافی بودن مالکیت عرصه: برخی مواقع دفاتر از جانب دادگاهها ملزم به تنظیم سند ملکی می‌شوند که عرصه آن موقوفه است. میدانیم که مالک اعیانی در قالب عقد اجاره از مالک عرصه می‌بایست مجوز احداث اعیان دریافت کند و بابت آن اجاره بها می‌پردازد. لذا در دعوا بر سر ملکی که مالک عرصه و اعیان یکی نیست می‌بایست به طرفیت هر دو دعوا را اقامه کرد. هر چند در برخی موارد دیده شده که دعوا فقط به طرفیت مالک اعیان اقامه می‌شود و رای هم به نفع محکوم له صادر شده و سپس از طرف دادگاه به دفترخانه اسناد رسمی دستور تنظیم سند اعیانی داده می‌شود و تازه در این زمان دفترخانه با استعلام از اداره ثبت متوجه موقوفه بودن ملک می‌شود. ممکن است در اینصورت‌ها مشکل از جانب خواهان یا وکیل وی بوده باشد که اداره اوقاف را طرف دعوی قرار نداده و لذا دادگاه‌ها هم به آن رسیدگی نکرده و نسبت به انتقال حقوق استیجاری عرصه حکمی نداده است.حال اگر در فرض مذکور موقوفه مورد نظر یا مالک عرصه انتقال فوق را اجازه ندهند، عملا دستور دادگاه عقیم مانده و قابل اجرا نیست.
اشکال دیگری که بعضا دادگاهها با آن مواجه بوده‌اند پاسخ غلط استعلامی بوده است که از اداره ثبت صادر شده، به طور مثال ملکی موقوفه بوده ولی پس از استعلام گرفتن دادگاه، اداره ثبت به اشتباه ملک را طلق عنوان کرده است و نهایتا منجر به صدور حکمی شده است که موقوفه می‌تواند به عنوان ثالث اعتراض کند و دوباره محکوم له را درگیر جریان دادرسی نماید.

۲) الزام به تنظیم سند رسمی املاک فاقد سابقه ثبتی: چنانچه شخصی با ادعای مالکیت نسبت به یک قطعه زمین دادخواست خلع ید علیه متصرف تقدیم نماید در حالی که ملک مورد ادعا سابقه ثبت ندارد نحوه رسیدگی به دعوا چگونه است و دادگاه چه تصمیمی باید اتخاذ کند؟ طبق رای وحدت رویه شماره ۶۷۲ مورخ ۱/۱۰/۱۳۸۳که نظر اکثریت می‌باشد مبنی بر اینکه خلع ید از اموال غیر منقول فرع بر مالکیت است، طرح دعوای خلع ید از زمین قبل از احراز و اثبات مالکیت قابل استماع نیست. براساس این رای، برای اقامه کردن دعوای خلع ید خواهان قبل یا همزمان با طرح دعوای خلع ید باید دادخواست اثبات مالکیت هم بدهد و اگر دعوای اثبات مالکیت مطرح نکرده باشد طرح دعوای خلع ید منطبق بر قانون نیست و باید قرار عدم استماع دعوا صادر شود و در واقع حکم دادگاه مبنی بر اثبات مالکیت جایگزین مالکیت رسمی خواهان می‌گردد و شرط صدور رای برای خلع ید تحقق پیدا می‌کند.
اما از طرفی دیگر اقلیت حقوقدانان بر این نظر هستند که برای خلع ید مالکیت رسمی خواهان شرط است ولی در املاکی که فاقد سابقه ثبتی هستند چنین شرطی لازم نیست همین اندازه که مالکیت خواهان محرز باشد دادگاه رای بر خلع ید صادر می‌کند و حتی اگر مالکیت مورد اختلاف نباشد تقدیم دادخواست اثبات مالکیت لازم نیست و احراز مالکیت خواهان کفایت می‌کند.
نظر کمیسیون حقوقی، بر این بوده است که مالکیت افراد نسبت به اراضی مورد ادعا محدود به ثبت آن در دفتر املاک نیست بلکه بر حسب مقررات ماده ۳۵ قانون مدنی تصرف به عنوان مالکیت دلیل مالکیت است مگر آنکه خلاف آن به اثبات برسد بنابراین اگر ملک متصرفی کسی مورد تجاوز واقع شود ولواین که اقدام به ثبت آن نکرده باشد می‌تواند دادخواستی علیه غاصب به خواسته خلع ید به دادگاه تقدیم کند. در صورتی که دلایل اقامه شده از طرف وی کافی و مالکیت وی نزد دادرس دادگاه به اثبات برسد مانعی برای صدور حکم به خلع ید غاصب نیست و این تصمیم تعارضی با رای وحدت رویه شماره ۶۷۲ مورخ ۱/۱۰/۱۳۸۳ هیئت عمومی دیوان عالی کشور ندارد.
حال نکته دیگر اینکه چنانچه دادگاه حکمی بر این اساس صادر کند و بدون در نظر گرفتن اینکه مراحل ثبت ملک انجام نشده است دفترخانه را ملزم به تنظیم سند رسمی کند، عملا صدور سند غیرممکن خواهد بود و از طرف دیگر پرداخت هزینه‌های ثبت ملک نیز مشخص نیست برعهده محکوم له یا محکوم علیه خواهد بود.

۳) عدم رعایت سلسله ایادی در دادخواست ها: چنانچه ملکی با مبایعه نامه یا قولنامه عادی چندین دست منتقل شده است بایست همه ایادی به ترتیب خوانده دعوی قرار گیرند.

۴) دستور به انتقال سند رسمی آپارتمان‌های جدید الاحداث
و فاقد پایانکار: در دعاوی که مربوط به ساختمان است گاها می‌بینیم خواهان دعوای الزام به تنظیم سند رسمی اقامه می‌نماید بدون اینکه تقاضای الزام به اخذ مجوزهای لازم مانند پایانکار و صورتمجلس تفکیکی را بنماید و دادگاه نیز در حکم صادره التفاتی به این مطلب نمی‌نماید. تبصره ۸ ماده ۱۰۰ قانون شهرداری، نقل و انتقال ملک را منوط به داشتن پایانکار کرده است. معمولا دادگاهها به تبصره ۸ ماده ۱۰۰ قانون شهرداری توجهی نمی‌کنند و صرفا به تنظیم سند محکوم می‌کنند در حالیکه دفتر خانه در موقع اجرای حکم پایانکار را مطالبه می‌کند. نه در ماده ۱۰۰ و نه در قانون تسهیل تنظیم اسناد هیچ استثنائی مبنی بر اینکه آراء دادگاهها از شمول این قانون معاف هستند دیده نشده است و در جایی گفته نشده که چنانچه رای دادگاهی به دفترخانه آمد بدون توجه به تبصره ۸ ماده ۱۰۰، دفترخانه می‌تواند سند تنظیم نماید.

۵) دستور به تنظیم سند آپارتمانهای فاقد صورتمجلس تفکیکی
یا تقسیم نامه: طبق بخشنامه شماره ۱/۴۰۴۸۵-۸۵/۸/۱۶ از آنجائیکه برخی از آرای محاکم قضائی مبنی بر الزام به تنظیم سند رسمی نسبت به یک یا چند واحد آپارتمانی یا قطعاتی از املاک، علیه مالک یا مالکینی است که املاک آنها فاقد سابقه تفکیکی می‌باشد و شماره قطعه و حدود و مشخصات و مساحت آنها در حکم دادگاه قید نمی‌گردد و نتیجتا دفاتر اسناد رسمی ۱۳۱۷ قادر به درج حدود و مشخصات ملک در سند انتقال نمی‌باشند لذا به منظور حل مشکل مطروحه، کلیه واحدهای ثبتی می‌بایست در اجرای احکام نهائی دادگاهها نسبت به تنظیم صورتمجلس تفکیکی مورد حکم اقدام و صورتمجلس تفکیکی را جهت تنظیم سند انتقال به دفترخانه مربوطه ارسال دارند.در بخشنامه فوق کلیه دادگاهها ملزم به درخواست صورتمجلس تفکیکی قبل از صدور الزام به تنظیم سند رسمی شده‌اند منتهی برخی دادگاهها براساس سند قولنامه ارائه شده اقدام به صدور رای می‌نمایند بدون توجه به اینکه آپارتمان موضوع حکم تفکیک نشده یا پایانکار ندارد. از نظر موازین ثبتی چنین آپارتمانی وجود سیستمی و اداری ندارد. تا وقتی که یک ساختمان فرضا پنج طبقه را پایانکار نگیریم و تفکیک نکنیم، رای قابل اجرا نیست. در واقع از نظر ثبتی این ساختمان یک ملک ویلایی پنج طبقه است و نمی‌توان برای آپارتمانهای موجود در آن سند جداگانه صادر کرد. دادگاه باید بداند در این موارد اقدام به صدور حکم برای ملک مشاعی کرده است.

۶) صدور حکم بدون در نظر گرفتن مقررات راجع به افراز: طبق ماده یک قانون افراز و فروش املاک مشاع مصوب ۲۲/۸/۱۳۵۵: «افراز املاک مشاع که جریان ثبتی آن‌ها خاتمه نیافته اعم از اینکه در دفتر املاک ثبت شده یا نشده باشد، در صورتی که مورد تقاضای یک یا چند شریک باشد با واحد ثبتی محلی خواهد بود که ملک مذکور در حوزه آن واقع است. واحد ثبتی با رعایت کلیه قوانین و مقررات ملک مورد تقاضا را افراز می‌نماید». بنابراین ماده چنانچه هر گونه توافقی مالکین جهت افراز ملک مشاع انجام دهند و سپس جهت تایید آن به دادگاه مراجعه نمایند اگر حکمی بر این مبنا صادر شود فاقد وجاهت قانونی خواهد بود. «عدم رعایت مقررت راجع به افراز و پذیرش این گونه دعاوی در محاکم باعث خواهد شد تا افرادی بتوانند قوانینی که جلوی تفکیک اراضی اشخاص به قطعات کوچکتر را گرفته دور بزنند و نهادهای مسئول را با آرای قطعی محاکم مواجه سازند».

۷) الزام به تنظیم اسناد خودروها در صورت تعدد نقل و انتقالات عادی : بدیهی است چنانچه برای سند خودرویی چندین بار تعویض پلاک انجام شد و از این طریق منتقل شد باید برای هر بار تعویض پلاک و انتقال یک سند رسمی تنظیم شود به این دلیل که برگه سبز مالکیت در واقع معرف مالک پلاک است ولی سند رسمی، مالک عین که همان خودرو باشد را معرفی می‌نماید. دادگاه در برخی موارد بدون توجه به این نکته و حتی بعضا با علم به این مسئله حکم به تنظیم سند خودرو از فرد الف به د می‌دهند. به ازای هر انتقال که با سند رسمی انجام می‌شود مالیات نقل و انتقال که جزو حقوق عمومی محسوب می‌شود باید وصول شود.

۸) عدم دقت در درج پلاک‌های اصلی و فرعی: دقت نکردن در درج پلاک‌های اصلی و فرعی ملک موضوع حکم نیز عملا تنظیم سند را دفتر اسناد رسمی با مشکل مواجه می‌کند و گاهی دیده می‌شود که ملک فقط با پلاک اصلی ذکر می‌شود و پلاک فرعی مورد غفلت قرار می‌گیرد. این شکل بخصوص در مجموعه‌های آپارتمانی نسبت به واحدهای تفکیک شده بیشتر مشاهده می‌شود.

۹) عدم درج شرایط در حکم به تنظیم سند تجدید یا انتقال منافع به غیر: در دعوای مربوط به تنظیم یا تجدید سند اجاره یا انتقال منافع، زمانی که دادگاهها دفاتر اسناد رسمی را ملزم به تجدید اجاره یا تنظیم سند اجاره می‌نمایند مدت یا میزان اجاره بها را در حکم خود قید نمی‌نمایند. زمانی که دفاتر از اجرای احکام سوال می‌پرسند که مدت اجاره یا شرایط آن را در سند چگونه باید قید نمایند، واحد اجرای احکام عموما دفترخانه را ملزم به رعایت مفاد سند قبلی می‌نماید ولی اگر طرفین خواستار تعدیل اجاره بها باشند و در دادخواست خود به این نکته اشاره‌ای نکرده باشند عملا تنظیم سند در دفترخانه ممکن نیست.