سید ابراهیم رئیسی روز ۸ آذرماه در نشست با اعضای شورای فرماندهی و مسئولان مرکز مقاومت بسیج قوه قضائیه که به مناسبت هفته بسیج برگزار شد، با محکومیت ترور دانشمند شهید محسن فخری‌زاده، صنعت هسته‌ای را یک صنعت اقتدارآفرین برای کشور دانست و گفت: شهید فخری‌زاده‌ها، قهرمانان پیشرفت این کشورند.
رئیس قوه قضائیه با بیان این که پیشرفت‌های هسته‌ای و دفاعی کشور، خاری در چشم دشمنان این کشور است، ترور و تحریم را دو لبه یک قیچی توصیف کرد که دشمنان برای توقف ملت ایران در دست گرفته‌اند و متذکر شد: هدف اصلی دشمن، ترور پیشرفت و اقتدار ملت ایران است که انشاءالله محقق نخواهد شد. رئیسی، طراحان و حامیان ترور را خبیث‌تر از عاملان آن دانست و اظهار داشت:« طراحان و حامیان ترور همان‌هایی هستند که اول تحریم میکنند و سپس با کراوات پای میز مذاکره آمده و از سوی دیگر در خیابان با اسلحه آدم می‌کشند.»
محمد جواد حشمتی مهذب، رئیس دادگستری استان تهران هم ۱۰ آذرماه با اشاره به شهادت شهید محسن فخری‌زاده، تصریح کرد: «در راستای مجازات مرتکبان داخلی و خارجی این اقدام تروریستی تمام تلاش خود را برای شناسایی کامل، دستگیری و محاکمه عاملان استکبار جهانی معطوف خواهیم کرد.»
پیش از این معاون امور بین‌الملل قوه قضائیه هم تاکید کرده بود که علاوه بر ظرفیت داخلی، از تمام ظرفیت‌های فراملی به ویژه از ظرفیت‌های سازمان ملل، شورای حقوق بشر، گزارشگران موضوعی حقوق بشر، کمیساریای عالی حقوق بشر برای دادخواهی، پیگیری و تعقیب عاملان و آمران ترور شهید فخری‌زاده بهره خواهیم گرفت.
علی باقری کنی با بیان این که از همان ساعات نخست پس از ترور، اقدامات حقوق بشری آغاز شده، تاکید کرده بود:«همچنین از ظرفیت‌های حقوق بشری دوجانبه و نمایندگی‌های جمهوری اسلامی ایران در خارج از کشور برای پیگیری و تعقیب این جنایت بهره خواهیم گرفت؛ چرا که این اقدام ددمنشانه و جنایتکارانه یکی از مصادیق بارز جنایت علیه بشریت است.»
کاربران شبکه های اجتماعی هم با ابراز ناراحتی از فعالیت آزادانه تروریست‌ها در ماجرای شهادت فخری زاده، تقاضای برخورد و پیگیری با این موضوع را داشتند.
امیدرضا با اشاره به قول های مقامات دستگاه قضایی توییت زد:
شهید محسن فخری زاده فقط مهندس هسته‌ای نبود بلکه یکی از مسئولان جمهوری اسلامی بود و قوه قضا به پیگیری حقوقی ترور این مسئول جمهوری اسلامی تاکید کرده است.
مرتضی رستم پور هم با اشاره به دیگر ظرفیت های اجتماعی بابت پیگیری قضایی این جنایت در توییتر نوشت:
فقط نباید به پیگیری های قوه قضایی دل بست و گروههای مردم نهاد، گروهای مطالبه گر دانشجویی، گروهای جهادی امربه معروف و نهی از منکر و موسسات مطالبه گر برنامه ریزی کنند جهت پیگیری‌های حقوقی این ترور.
حجت الاسلام غلامرضا قاسمیان هم با اشاره به رسوایی صهیونیست‌ها در اینستاگرام خود نوشت:
من هم به پیروی از مسئولین کشوری و لشکری ترور وحشیانه شهید محسن فخری زاده را فقط محکوم میکنم و خواستار پیگیری حقوقی هستم.
پیگیری حقوقی را باید دانشکده های حقوق با جدیت تمام برنامه ریزی و اجرایی کنند. خوب است بدانیم همیشه آمریکا و اسراییل با این کارها خودشان را بیشتر رسوا میکنند و کاپ اخلاق را هم ما میبریم!
مصطفی اربابی، کارشناس مسائل حقوقی و عضو هیئت علمی دانشگاه سیستان و بلوچستان هم در اینستاگرام خود با انتقاد از مجامع حقوقی بین المللی نوشت:
برای جنایاتی نظیر این اقدام معمولاً دادگاه‌های بین‌المللی برای طرح شکایت و رسیدگی به این موضوع وجود دارند اما مورد اعتماد نیستند و عملا فایده‌ای هم ندارند.
در این ترور مسئله جنگ مطرح است که حالت تن به تن به خود گرفته، این گونه موارد را می‌توان در نهادهایی مانند لاهه طرح دعوا کرد اما مشکل اینجاست که اساساً این نهادهای بین‌المللی مستقل عمل نمی‌کنند. سازمان ملل با تمام وجهه بین‌المللی که از خود نشان می‌دهد، کاملاً تحت تسلط آمریکا و اسرائیل است و هنگامی که در این فضا با این دستگاه‌های به ظاهر بین‌المللی بخواهیم اقدام کنیم نتیجه‌ای عایدمان نمی‌شود.
علی اکبر اما با درخواست پیگیری حقوقی در توییتر خود نوشت:
نشانه پیشرفت و دست آورد انقلاب اینکه دهه شصت ترورها برا عوام مردم عادی بود و امروز این ترورها به شهدای علمی و هسته‌ای رسیده است. انقلاب دانشمند هسته‌ای و علمی تولید کرده است. منتظر پیگیری حقوقی دستگاه قضا و مسئولین وزارت خارجه هستیم.
زینب سادات قریشی محمدی دبیر واحد سیاسی انجمن اسلامی دانشگاه شهید بهشتی هم در اینستاگرام خود نوشت:
با شهادت نخبگان کشورمان در عرصه‌های مختلف مانند دفاعی، موشکی، هسته‌ای و غیره توسعه و پیشرفت متوقف نمی‌شود.
با شهادت امثال دکتر فخری زاده، غیرت جوانان ایرانی بیشتر به جوش خواهد آمد و تلاش نخبگان جوان برای دستیابی به خودکفایی بیشتر خواهد شد.
انجام ترور به معنای نرسیدن به اقتدار در پاسخگویی از جانب برخی مسئولان است زیرا این امر موجب شده دشمنان گستاخ‌تر شوند.
ترور شهید فخری زاده باید از طریق محاکم حقوقی بین‌المللی پیگیری شود. البته وقتی نهادهای بین‌المللی در مقابل ترور شهید سلیمانی سکوت کردند و آدم کش‌ها را در غرب مستقر کردند، دیگر نمی‌توان از آنها توقع موضوع‌گیری سخت و منصفانه داشت.
حسن بهشتی پور، کارشناس مسائل هسته‌ای هم در اینستاگرام خود با اشاره به اینکه این اقدام نقض آشکار قوانین حقوق بشر است، نوشت:
جمهوری اسلامی در واکنش به ترور شهید محسن فخری‌زاده می‌تواند از طریق شکایت در شورای امنیت سازمان ملل، پرونده آن را پیگیری کند؛ زیرا این اقدام نقض آشکار قوانین حقوق بشر و مصداق روشنی از تروریسم دولتی تلقی می‌شود.
پیگیری حقوقی پرونده ترور شهید فخری‌زاده در شورای امنیت سازمان ملل نیاز به مقدمات ندارد و دستگاه دیپلماسی جمهوری اسلامی ایران می‌تواند با تنظیم شکایتی علیه رژیم صهیونیستی این اقدام را به صورت حقوقی محکوم کند، اما به نظر می‌رسد به دلیل لابی‌های قدرتمند این رژیم در سازمان ملل این شکایت توسط آمریکا وِتو شود.
