(۱) یکی از معاونت‌های تخصصی، «معاونت تخصصی کار و تأمین اجتماعی» است. موضوعات مربوط به کار و کارگری به این معاونت ارجاع می‌شود. از بیشترین موضوعاتی که در این معاونت بررسی می‌شود مربوط به احتساب سابقه در مشاغل سخت و زیان‌آور، بازنشستگی در مشاغل سخت و زیان‌آور، اصلاح عنوان شغلی، اعتراض به قطع بیمه بیکاری، مستمری بازماندگان و مرخصی زایمان می‌باشد. این معاونت ۲۲ شعبه بدوی و ۸ شعبه تجدیدنظر و ۳ شعبه اجرای احکام دارد.
(۲) معاونت بعدی «معاونت امور اداری، استخدامی و فرهنگی» است. مسائل فرهنگی و استخدامی در این معاونت رسیدگی می‌شود. از بیشترین موضوعاتی که در این معاونت بررسی می‌شود مربوط به الزام به پرداخت فوق‌العاده، الزام به اصلاح حکم بازنشستگی، اعتراض به رأی قطعی هیئت رسیدگی به تخلفات اداری کارکنان دولت، الزام به اعاده خدمت کارکنان و الزام به پرداخت وجوه مرخصی به مناطق محروم و جنگی می‌باشد. این معاونت ۲۰ شعبه بدوی و ۹ شعبه تجدیدنظر و ۳ شعبه اجرای احکام دارد.
(۳) معاونت دیگر، «معاونت امور اقتصادی و اراضی و شهرسازی» است و از بیشترین موضوعاتی که در این معاونت بررسی می‌شود مربوط به اعتراض به رأی قطعی بدوی و تجدیدنظر کمیسیون ماده صد شهرداری، اعتراض به رأی کمیسیون آب‌های زیرزمینی سازمان آب، اعتراض به آرای قطعی سازمان تعزیرات حکومتی، اعتراض به آرای قطعی هیئت حل اختلاف مالیاتی می‌باشد که این معاونت نیز ۱۳ شعبه بدوی و ۶ شعبه تجدیدنظر و یک شعبه اجرای احکام دارد.
در رابطه با حجم ورودی پرونده‌ها به دیوان عدالت اداری، فقط در ۶ ماهه اول سال ۱۳۹۸ تعداد ۷۶ هزار و ۷۸۱ دادخواست به شعب بدوی وارد شده است که متوسط ماهانه آن ۱۲ هزار و ۷۹۶ دادخواست می‌شود. همین کثرت پرونده‌ها سبب شده است که رسیدگی به پرونده‌ها طولانی باشد. برنامه ریزی‌هایی شده است تا برحسب میزان پرونده‌های وارده و تعداد قضات و شعب، پرونده‌ها در شعب بدوی حداکثر تا ۷ ماه و در شعب تجدیدنظر نیز حداکثر تا ۵ ماه رسیدگی شود.
ارتقای کارایی و اثربخشی دیوان عدالت اداری تا حد زیادی به اعمال مؤثر نظام نظارتی و بازرسی همچنین کارآمد سازی و هماهنگی ساختارها و شیوه‌های نظارت و کنترل بازمی‌گردد. در دستورالعمل جامع امور نمایندگان قوه قضاییه و نظارت بر مراجع شبه قضایی مصوب ۷. ۱. ۱۳۹۹، سه سطح جهت اعمال مؤثر این نظارت، کارآمد سازی و هماهنگی قابل‌شناسایی است.
۱. نظارت بر آرای نقض شده مراجع شبه قضایی
در دیوان عدالت اداری
هر سال حدود ۱۲ الی ۱۳ هزار پرونده در رابطه با کمیسیون‌های ماده ۱۰۰ قانون شهرداری به دیوان عدالت اداری واصل می‌شود. این امر به‌وضوح به وجود یک‌روند معیوب در این رابطه دلالت دارد.
جهت شناسایی و ارائه راهکار مقتضی در این‌گونه موارد به‌موجب ماده ۳۳ این دستورالعمل، دیوان عدالت اداری مکلف شده است مجموع آراء نقض شده هر یک از مراجـع شبه قضایی که نماینـده قوه قضاییه در آن حضور دارد را هر سه ماه یک‌بار برای معاون اول قوه قضاییه ارسال می‌نماید. چنانچه آمار آراء نقض شده از هر مرجع بیش از ده درصد باشد، معاون اول قوه قضاییه با تشکیل یک کارگروه، علل نقض آراء را بررسی و راهکارهای مقتضی جهت پیشگیری و رفع مشکلات را احصاء و اجرایی می‌نماید.
«مراجع شبه قضایی» در این دستورالعمل مراجع اختصاصی اداری، شبه حقوقی، شبه کیفری، انتظامی یا صنفی است که جهت رسیدگی به صلاحیت، تخلفات، پیشگیری از طرح دعوا در دادگستری، قضا زدایی و جرم‌زدایی به‌موجب قوانین و مقررات ایجاد شده است؛ از قبیل کمیسیون‌ها، هیئت‌ها، کمیته‌ها، مراجع انتظامی، انجمن‌ها و شوراها (بند (ت) ماده ۱ دستورالعمل).
۲. نظارت و بازرسی مراجع شبه قضایی
سازمان بازرسی کل کشور وفق قانون تشکیل سازمان بازرسی‌کل کشور مصوب ۱۳۶۰ با اصلاحات و الحاقات بعدی آن و آیین‌نامه اجرایی این قانون مصوب ۲۱. ۳. ۱۳۹۸ رئیس قوه قضاییه در بازرسی سالانه از دستگاه اجرایی، از مراجع شبه قضایی نیز نظارت و بازرسی می‌کند و در مواردی که با سوء جریان اداری مواجه شود اقدام قانونی لازم را انجام می‌دهد. نسخه‌ای از گزارش بازرسی و نتایج نظارت به معاون اول قوه قضاییه ارائه می‌شود.
سازمان بازرسی کل کشور در راستای نظارت بر حسن جریان امور در مراجع شبه قضایی نسبت به بررسی موارد ذیل اقدام می‌نماید: (الف) مطابقت عملکرد اداری مراجع شبه قضایی با قوانین و مقررات؛ (ب) سنجش میزان رضایت مردم و رعایت حقوق شهروندی؛ (پ) بررسی اعتبار ابلاغ اعضاء مراجع شبه قضایی؛ (ت) تجربه، تخصص و آموزش اعضاء؛ (ث) نحوه تشکیل جلسات مراجع شبه قضایی متناسب با فراوانی پرونده‌ها؛ (ج) نحوه تنظیم صورت‌جلسات؛ (چ) نحوه ابلاغ و اجرای آراء؛ (ح)
