راه حل منطقی و قانونی در خصوص مالیات ملک تجاری که حتما می بایست مورد توجه قرار گیرد این است که مالک و مستاجر هرکدام اظهارنامه مالیاتی خودراداشته باشند تاپرداخت نکردن مالیات و عواقب آن متوجه مالک نشود.
همچنین می توان درضمن قرارداد اجاره دراین خصوص برای مستاجر تعهدی ایجاد کردکه مستاجراظهارنامه مالیاتی ملک تجاری را همه ساله طبق ضوابط مشخص تهیه و ارسال کند و در صورت تقصیر، مستاجرمسئول جبران خسارات وارد شده بر مالک باشد.

نحوه محاسبه مالیات بر املاک تجاری
دراین خصوص اختلاف نظر‌های زیادی وجود دارد وممکن است به روش‌های مختلفی اقدام به تعیین شود.به طور مثال در برخی موارد برای تعیین مالیات یک ملک تجاری ارزش تجاری و منطقه ای ملک را ملاک قرار می‌دهند و مطابق با آن مالیات سالیانه را تعیین می کنند.
ولی دربعضی موارد طبق قانون و قاعده خاصی که قانون مالیات‌های مستقیم در نظر داشت صورت می‌گیرد که عبارتست از:
براساس ماده ۵۳ قانون مالیات‌های مستقیم برای ۷۵٪ از اجاره سالیانه باید مالیات پرداخت شود و ۲۵٪ آن معاف از مالیات است.
اگر بخواهیم فرمولی کلی برای آن در نظر بگیریم می‌توان آن را به این صورت محاسبه کرد که ابتدا اجاره ماهیانه خود را در ۱۲ (تعداد ماه‌های سال) ضرب کنید، هزینه استهلاک و تعمیرات ملک تجاری را از آن کسر کنید و سپس ۷۵ درصد آن را حساب نمایید یعنی:
{۱۲ ×(اجاره‌بهای ماهیانه)} × ۷۵٪ = درآمد مشمول مالیات سالانه
اما اگر مستاجر یک شخص حقوقی(برای مثال شرکت‌های تجاری) باشد وضعیت با آنچه که گفته شد متفاوت است.
براین اساس طبق قانون مالیات‌های مستقیم اشخاص حقوقی باید مالیات اجاره را با نرخ ۲۵٪ بپردازند.
تنها مسئله‌ای که باید در نظر بگیرید این است که مالیات بر درآمد اجاره جز مالیات‌های تکلیفی است و توسط شخص دیگری از مودی وصول و به سازمان امور مالیاتی کشور پرداخت می‌شود.
لذا قانون مستأجر را مکلف کرده است که از اجاره پرداختی به موجر (صاحب ملک) مالیات اجاره را کسر کند و مابقی اجاره را به موجر پرداخت کند. تنها موردی که باید توجه داشته باشید این است که این موضوع برای اشخاص حقیقی اختیاری بوده در حالی که اشخاص حقوقی ملزم به پرداخت و کسر مالیات از اجاره هستند. .
پس مستاجر حقوقی موظف است هرماه این مبلغ را واریز کند و در صورتی که این کار را در موعد مقرر انجام ندهد باید جریمه ماهیانه ای را پرداخت نماید.

معافیت‌های مالیاتی
قانون مالیات‌های مستقیم در مواردی برای اقشار مختلف معافیت‌های مالیاتی قرار داده است؛ مواردی از جمله:
درآمد مشمول مالیات ابرازی ناشی از فعالیت‌های تولیدی و معدنی در واحدهای تولیدی یا معدنی در بخش‌های تعاونی و خصوصی که از اول سال ۱۳۸۱ به بعد از طرف وزارتخانه‌های ذیربط برای آنها پروانه بهره برداری صادر یا قرارداد استخراج و فروش منعقد می‌شود، از تاریخ شروع بهره‌برداری یا استخراج به میزان هشتاد درصد (۸۰) و به مدت چهار سال و در مناطق کمتر توسعه یافته به میزان صد در صد (۱۰۰%) و به مدت ده سال از مالیات موضوع ماده (۱۰۵) این قانون معاف هستند. همچنین به کلیه تاسیسات ایرانگردی و جهانگردی دارای پروانه بهره‌برداری از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی هر ساله ۵۰ درصد معافیت مالیاتی تعلق می‌گیرد.
البته لازم به ذکر است فهرست مناطق دور افتاده کاملا مشخص است و هر کسبه‌ای نمی تواند ادعای وجود ملک در منطقه دور افتاده را نماید.
همچنین قانون بیان کرده است که معافیت‌های موضوع این ماده شامل درآمد واحدهای تولیدی و معدنی مستقر در شعاع یکصد و بیست کیلومتری مرکز تهران و پنجاه کیلومتری مرکز اصفهان و سی کیلومتری مراکز استان‌ها و شهرهای دارای بیش از سیصد هزار نفر جمعیت براساس آخرین سرشماری به استثنای شهرک‌های صنعتی استقرار یافته در شعاع سی کیلومتری مراکز استان‌ها و شهرهای مذکور نخواهد بود. همچنین، صد در صد درآمد حاصل از صادرات محصولات تمام شده کالاهای صنعتی و محصولات بخش کشاورزی (شامل محصولات زراعی، باغی، دام و طیور، شیلات، جنگل و مرتع) و صنایع تبدیلی و تکمیلی آن و پنجاه درصد درآمد حاصل از صادرات سایر کالاهایی که به منظور دست یافتن به اهداف صادرات کالاهای غیر نفتی به خارج از کشور صادر می‌شوند از معافیت مالیاتی برخوردار هستند.
فهرست کالاهای مشمول این ماده در طول هر برنامه به پیشنهاد وزارتخانه‌های امور اقتصادی و دارایی، بازرگانی، کشاورزی و جهاد سازندگی و وزارتخانه‌های صنعتی به تصویب هیأت وزیران می رسد.
همینطور صد در صد درآمد حاصل از صادرات کالاهای مختلف که به صورت ترانزیت به ایران وارد شده یا می‌شوند و بدون تغییر در ماهیت یا با انجام کاری بر روی آن صادر می‌شوند مشمول معافیت مالیاتی هستند.

جرائم مرتبط با مالیات
همانطور که قانون مالیات‌های مستقیم در خصوص معافیت‌های مالیاتی دارای انعطاف است در خصوص عدم پرداخت ویا فرار مالیاتی نیز محکم و قاطع برخورد نموده است.
دراین خصوص باید بیان داشت که اگر شخص حقیقی از ارایه اظهارنامه مالیاتی در مواعد مقرر در این قانون خودداری نماید مشمول جریمه ای معادل ده درصد ( ۱۰%) مالیات متعلق خواهد بود. اگر این عمل توسط اشخاص حقوقی باشد جریمه ای معادل چهل درصد ( ۴۰ %) مالیات متعلق می گردد و مشمول بخشودگی نمی شود.
درصورتی که اداره مالیات رویت دفاتر تجاری را لازم تشخیص دهد و دفاتر تجاری ارائه نشود یا مورد قبول واقع نشود، بیست درصد ( ۲۰ %) مالیات برای عدم ارائه دفتر و در مورد رد دفتر مشمول جریمه ای معادل ده درصد (۱۰%) مالیات خواهد بود.

شیوه پرداخت مالیات
اصولا صاحبان املاک استیجاری باید تا آخر تیرماه هرسال، اظهارنامه مالیاتی و مدارک مربوط به اداره مالیاتی محل وقوع ملک را تسلیم و مالیات متعلق را طبق مقررات پرداخت کنند هرچند اقدام مستاجرملک هم در این خصوص مشکلی ندارد .
اگر مالک شخص حقوقی باشد، مکلف به تسلیم اظهارنامه مالیاتی جداگانه برای مالیات بر درآمد اجاره نیست.
به موجب قانون مالیات‌های مستقیم، اشخاص حقوقی مکلف‌اند مالیات بر درآمد مال‌الاجاره پرداختی را کسر و ظرف ۱۰ روز به اداره امور مالیاتی محل وقوع ملک پرداخت و رسید آن را به مالک تسلیم کنند.
درصورت اعتراض به مالیات تعیین شده می بایست ظرف مدت ۳۰ روز از تاریخ ابلاغ و رفع نشدن اختلاف با رئیس اداره امور مالیاتی، خواستار ارجاع موضوع برای رسیدگی به هیات حل اختلاف مالیاتی شد.